技術(shù)知識(shí)
蛋白質(zhì)組學(xué)研究，樣本準(zhǔn)備知多少？
俗話說好的開始是成功的一半，要想實(shí)驗(yàn)成功，除了要有好的idea，樣本采集和預(yù)處理也至關(guān)重要。那么蛋白質(zhì)組學(xué)研究中應(yīng)該如何處理樣本呢？今天咱們就來聊聊蛋白質(zhì)組學(xué)研究中那些常見樣本的準(zhǔn)備！
動(dòng)物篇
取新鮮組織，剔除血管、脂肪、結(jié)締組織等與研究無關(guān)的干擾組織；
用生理鹽水或PBS清洗血漬和污染物，用無塵吸水紙吸去表面液體；
將組織剪切成邊長(zhǎng) 0.5 cm 小塊或 100 mg 左右小塊；
將組織塊用液氮速凍5 min以上，并于-80℃保存。
腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉、皮膚等常規(guī)動(dòng)物組織，定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞200 mg；修飾蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞500 mg。
植物篇
地上部分在樣本離體前用無菌水清洗雜質(zhì)，水干后采集樣本；地下部分在樣本離體后，用預(yù)冷的PBS清洗雜質(zhì)，無塵紙吸干后采集樣本；
去除非目標(biāo)組織及衰老、霉變等干擾部分；
樣品剪切成小塊，錫紙包裹或放入凍存管中；
將組織塊液氮速凍5 min以上，并于-80℃保存。
幼嫩的根、葉、花、愈傷組織等常規(guī)植物組織，定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞1g；修飾蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞2 g。
血液篇
血漿樣本
使用EDTA抗凝劑和蛋白酶抑制劑的血常規(guī)管采集血液；
輕輕地上下顛倒混勻 8-10 次；
立即4℃，1600 g離心 10 min；
用移液器將血漿轉(zhuǎn)移到離心管中，加入蛋白酶抑制劑，混勻，瞬時(shí)離心。
血清樣本
使用真空采血管收集血液；
輕輕地上下顛倒混勻5-6 次；
4℃，靜置15-30 min；
4℃，1600 g離心10 min；
用移液器將上層淡黃色血清轉(zhuǎn)移到離心管中，加入蛋白酶抑制劑，混勻，瞬時(shí)離心。
血漿/血清樣本，定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞500 ul。
細(xì)胞篇
貼壁細(xì)胞
細(xì)胞培養(yǎng)至覆蓋度70-90%；
去培養(yǎng)基，培養(yǎng)皿用10 ml PBS洗3次，培養(yǎng)皿倒扣，將液體控干；
培養(yǎng)皿置于冰上，胰蛋白酶消化后，加入PBS懸浮細(xì)胞；
收集到15 ml離心管中，4℃，400 g-1000 g離心5-10 min，去PBS；
1 ml PBS重懸細(xì)胞后轉(zhuǎn)移到新的1.5 ml離心管；
再次用上述條件離心，盡可能將上清去除干凈；
用適量PBS重懸，液氮速凍，并于-80℃保存。
懸浮/貼壁細(xì)胞，定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞1×107個(gè)細(xì)胞或體積＞50ul細(xì)胞沉淀；
磷酸化蛋白質(zhì)組推薦送樣量＞5×107個(gè)細(xì)胞或體積＞200ul細(xì)胞沉淀；
乙酰化、泛素化蛋白質(zhì)組＞1×108個(gè)細(xì)胞或體積＞500ul細(xì)胞沉淀。
<p style="font>微生物篇
離心法或其他方法分離菌和培養(yǎng)基；
收集菌體到15 ml離心管，用10 ml PBS洗3次；
用1 ml PBS 重懸菌體，轉(zhuǎn)移到1.5 ml離心管中離心，用槍頭吸去上清，記錄菌的濕重或體積；
用適量PBS重懸，每管100 ul分裝，液氮速凍，并于-80℃保存。
微生物菌體，定量蛋白質(zhì)組推薦送樣量濕重＞100mg或體積＞100ul；修飾蛋白質(zhì)組推薦送樣量濕重＞300mg或體積＞300ul。
膠點(diǎn)膠條篇
膠點(diǎn)膠條
膠點(diǎn)/膠條或者泳道皆可，推薦考馬斯亮藍(lán)染色，要求條帶清晰，無降解。
IP / Co-IP / Pull-down樣本
蛋白洗脫液要求蛋白總量＞5ug，蛋白溶液進(jìn)行SDS－PAGE電泳，下方兩種電泳方式任選其一即可。
蛋白洗脫液，跑分離膠5cm（不含濃縮膠的SDS－PAGE），切下5cm膠條，放入1.5ml離心管中。
蛋白洗脫液，跑SDS－PAGE標(biāo)準(zhǔn)的膠，切下目標(biāo)條帶即可，放入1.5ml離心管中。
考慮到動(dòng)物、植物、細(xì)胞、微生物、膠點(diǎn)膠條大家關(guān)注度較高，今天小編就先為大家介紹到這里，如果你手上有更加棘手的特殊樣本，不知道如何處理，也可以給小編留言！分享完常見樣本的采集和預(yù)處理，下期將會(huì)給大家整理不同類型樣本蛋白質(zhì)提取方法，敬請(qǐng)關(guān)注www.ik121.com～
